Um seine Aufgaben zu erfüllen, hat der Sparkassenverband Bayern verschiedene satzungsgemäße Organe. Dazu kommen Beiräte sowie Arbeitskreise, die jeweils spezifische Geschäftsfelder bzw. Arbeitsbereiche abdecken.
Verbandsversammlung
Die Verbandsversammlung besteht aus den Verbandsmitgliedern, das sind die zum Geschäftsbereich des Verbandes gehörenden Sparkassen und deren Träger, also Städte, Kommunen und Landkreise. Sie tagt einmal jährlich.
Verbandsverwaltungsrat
Der Verbandsverwaltungsrat besteht aus 27 Mitgliedern, darunter sind 4 kooptierte Mitglieder. Er wählt die Mitglieder der Geschäftsleitung des Sparkassenverbandes Bayern, beschließt den Haushalt und entscheidet über alle Angelegenheiten des Verbandes von grundsätzlicher Bedeutung.
Bezirksverbände
Der Sparkassenverband Bayern hat als rechtlich unselbstständige Gliederungen sieben Sparkassenbezirksverbände mit selbstständigem Satzungsrecht. Diesen Bezirksverbänden gehören die Sparkassen und ihre Träger innerhalb eines Regierungsbezirks als Pflichtmitglieder an. Aufgabe dieser Sparkassenbezirksverbände ist die Unterstützung des Sparkassenverbandes Bayern im Bereich des jeweiligen Regierungsbezirks.
Fachbeirat
Der Fachbeirat besteht aus den stellvertretenden Vorsitzenden der Bezirksverbände, die zugleich als Bezirksobmänner fungieren (§23 Abs. 2 der Satzung des Sparkassenverbandes Bayern). Er hat die Aufgabe, den Erfahrungsaustausch zu pflegen, den Verband und die anderen Einrichtungen der Sparkassen-Finanzgruppe in wichtigen Sparkassenfragen zu beraten und deren vertrauensvolle Zusammenarbeit mit den Sparkassen und ihren Trägern zu fördern.
Kommunaler Beirat
Im Kommunalen Beirat werden die Interessen der kommunalen Gebietskörperschaften vertreten. So sind der Bayerische Gemeindetag, der Bayerische Landkreistag, und der Bayerische Städtetag vertreten.
Beirat für sparkassenpolitische Grundsatzfragen
Der Beirat fördert das Sparkassenwesen, das durch Sparkassen in der Form selbständiger Wirtschaftsunternehmen in kommunaler Trägerschaft und mit eigenem öffentlichen Auftrag geprägt ist. Er besteht aus bis zu 20 Mitgliedern. Mitglieder sind Europa-, Bundes- und Landespolitiker von in Parlamenten vertretenen Parteien.
Arbeitskreis Beteiligungen
Hier wird über grundsätzliche Fragen von Beteiligungen des Sparkassenverbandes Bayern an anderen Unternehmen und Institutionen beraten.
Arbeitskreis Betrieb
Gremium für betriebswirtschaftliche Fragen der Unternehmenssteuerung, Controlling und Planung.
Arbeitskreis Markt
Gremium für produkt-, markt- und vertriebspolitische Grundsatzfragen.
Arbeitskreis Verbund
Gremium zur Entwicklung und Abstimmung von Verbundprodukten und Vertriebsaktivitäten innerhalb der Sparkassen-Finanzgruppe Bayern.
Arbeitskreis Bildung
Gremium für Fragen der Aus- und Fortbildung, der Qualifikationsnormen und der Weiterbildungskonzeptionen innerhalb der Sparkassenorganisation.